Bałtyk ma od lat fatalną opinią w mediach, powszechnie uważany jest za morze zdewastowane, najbardziej zanieczyszczone na świecie, pełne zagrożeń dla zdrowia i pozbawione ryb. Te opinie powstały w latach70-tych, formowane przez powstające ruchy ekologiczne i naukowców zrozpaczonych brakiem refleksji ze strony decydentów i przemysłu w sprawach zanieczyszczenia wód.

To co było ostrzeżeniem i budzeniem odpowiedzialności, dziś jest nie opartym na faktach czarnowidztwem. Od połowy lat 90-tych, a już zdecydowanie od wejścia do Unii Europejskiej Polska dokonała ogromnego postępu w oczyszczaniu wód uchodzących do Bałtyku, i obserwujemy od lat poprawę wszystkich mierzonych parametrów ekosystemu w naszych wodach. Trzeba przy tym pamiętać, że Bałtyk ma swoje naturalne ograniczenia – to półzamknięte morze ma niskie zasolenie i słabą wymianę wód w głębszych partiach. Oznacza to, że liczba gatunków, które w Bałtyku obserwujemy spada od zachodu (około 1500) na wschód (około 100) wraz ze spadkiem zasolenia. Dodatkowo wody przydenne położone poniżej warstwy mieszanej przez fale i wiatr są słabo natlenione a wobec wzrastającej temperatury morza coraz częściej pozbawione tlenu całkowicie. To zjawiska wynikające z geografii- kształtu morza i zjawisk klimatyczno- fizycznych a nie tylko skutek działalności człowieka (nadmiaru biogenów spłukiwanych z pól). Bałtyk jest produktywny – począwszy od produkcji pierwotnej wytwarzanej przez mikroplankton dzięki wysokiej zawartości biogenów (nasze morze jest eutroficzne), po wysoką produkcję ryb pelagicznych – szprotów i śledzi. Biomasa dorszy spada – bo ta zimnowodna i potrzebująca natlenionej i bardziej słonej niż bałtycka wody, ryba coraz gorzej radzi sobie w coraz cieplejszym i mniej słonym morzu.

Polskie wybrzeża i co ważniejsze nieuregulowana Wisła zapewniają nam bardzo ważną funkcję naturalnego oczyszczania wód. Plaże i piaszczyste płycizny w morzu oraz piaszczyste łachy i nieuregulowane brzegi rzek to miejsca, gdzie przez osad intensywnie przepływa woda napotykając ogromną różnorodność mikro i meiofauny – organizmów, które są w stanie neutralizować i wykorzystywać zanieczyszczenia. Gdyby Polska miała skalisto- kamieniste wybrzeże jak Finlandia czy Szwecja, nasze wody byłyby dużo bardziej zanieczyszczone i o wiele więcej wysiłku trzeba by włożyć w ich uzdatnienie. Tego rodzaju naturalne zjawiska nazywane są teraz usługami ekosystemowymi i wyceniane jako wartość rynkowa (ile pieniędzy oszczędzamy dzięki naturalnym oczyszczalniom przyrody).